Terra Nil è un city builder al contrario dove il giocatore invece di creare la metropoli più grande e funzionale cerca di ricostruire gli ecosistemi di un pianeta. Le usuali meccaniche da gestionale sono in realtà tradite da un gioco prettamente puzzle.
Il gioco attraversa diverse fasi di riqualifica del territorio, dalla fertilizzazione, alla differenziazione dei diversi ecosistemi fino allo smantellamento di tutti gli edifici creati per la ribonifica per viaggiare verso nuove terre da rinaturalizzare.