L’Imperium Secundus è il nome dato al nuovo Imperium che si creò temporaneamente durante l’Eresia di Horus, più precisamente nel 009.M31. Durante la Battaglia di Calth avvenuta due anni prima, i Predicatori riuscirono a creare una nuova ed enorme tempesta Warp chiamata Ruinstorm che avvolse tutto il Regno di Ultramar.
Tra il 007 e l’008.M31, Predicatori e Divoratori di Mondi si allearono in quella che prese il nome di Crociata Ombra. Furono due anni durante i quali molti mondi di Ultramar bruciarono, tra cui Armatura, uno dei maggior mondi di reclutamento e addestramento degli Ultramarine. Finita con la Battaglia di Nuceria, la Crociata Ombra lasciò Ultramar diviso e con molte forze in meno. Roboute Guilliman notò l’affievolirsi dell’Astronomican e considerò la Terra caduta e l’Imperatore ormai morto. Cercando di non arrendersi, il primarca degli Ultramarine cercò di ricostruire. Oltre a rendere Macragge costantemente pronta a difendersi e ad accogliere milioni di profughi in fuga dalla guerra sui mondi circostanti, Guilliman puntò alla creazione di un nuovo Imperium. In suo aiuto venne Barabas Dantioch, Mastro di Guerra dei Guerrieri di Ferro rimasto lealista insieme ad alcuni suoi fratelli. Egli scoprì il Pharos, un enorme macchinario dalle probabili origini aliene situato sul pianeta Sotha (futuro Mondo Capitolare delle Falci dell’Imperatore). Mettendosi in contatto con Guilliman e ottenendo la sua fiducia, Dantioch riuscì ad azionare il Pharos e ridirezionarlo affinché puntasse su Macragge, così da crearvi una sorta di nuovo Astronomican. Una volta sistemata questa faccenda, Guilliman non volle autoproclamarsi Imperatore, vedendolo come un atto paragonabile alle azioni di Horus. Attese l’arrivo di almeno uno dei suoi fratelli e il primo ad arrivare fu Lion.
Con il finire dei tre anni di Crociata di Thramas tra Angeli Oscuri e Signori della Notte, Lion arrivò a distruggere quasi tutta la flotta nemica e a catturare Sevatar e Konrad Curze. Quando puntò la propria nave verso quello che pensò essere l’Astronomican, Lion si ritrovò nell’orbita di Macragge. Guilliman, sebbene conoscesse già l’allineamento di pressoché tutti i primarchi, fu comunque sospettoso e attento alla minima mossa che potesse confermargli un tradimento. Lion, dal canto suo, non tradì, ma mantenne comunque i suoi mille segreti, tra i quali la cattura di Curze. Quest’ultimo si liberò facilmente dalla propria prigionia e, uccidendo vari Angeli Oscuri, trovò un modo per atterrare in sicurezza sul pianeta. Il lancio di una singola capsula d’atterraggio sarebbe stato stupido, poiché lo avrebbero individuato subito e di conseguenza abbattuto. Riempì le capsule di tutta la nave di trappole letali e poi le lanciò tutte, creando un finto attacco orbitale. Oltre ad un viaggio sicuro per Konrad, questo provocò una leggera reazione di uno dei primarchi presenti su Macragge: Guilliman piantò al muro Lion. Riuscendo a non far finire la cosa in tragedia e ricevendo comunicazioni dalla nave degli Angeli Oscuri, Lion confessò la cattura di Curze. Prima di proseguire, bisogna parlare dell’arrivo di altri due elementi importanti.
Dopo la Battaglia di Phall tra Magli Imperiali e Guerrieri di Ferro nel 007.M31 e un bel po’ di tempo passato nel Warp, i Magli Imperiali sopravvissuti e guidati da Alexis Polux (futuro primo Maestro Capitolare dei Magli Scarlatti) fecero la stessa fine di Lion, arrivando su Macragge. Poco dopo e per puro caso, venne scoperta una funzione di teletrasporto nel Pharos che riuscì a portare Polux su Sotha. Inizialmente riluttante, il Capitano dei Magli Imperiali iniziò a lavorare con Dantioch.
Il secondo elemento importante è Vulkan. Dopo essere stato catturato da Curze durante il massacro di Isstvan V nel 006.M31, Vulkan subì agonizzanti morti e torture da parte del fratello. Quando Curze fece creare un labirinto affinché Vulkan lo percorresse e al centro trovasse il martello Dawnbringer (martello inizialmente creato come regalo per Horus). Seguì un duello tra Vulkan e Curze, il quale finì con la fuga del primo. Curze andò verso la sua cattura e Vulkan usò il congegno di teletrasporto presente all’interno di Dawnbringer per cercare di tornare sulla Terra, ma finendo anche lui sulla capitale del Regno di Ultramar. Il suo arrivo fu singolare poiché riapparve nell’orbita di Macragge e atterrò come fosse un meteorite. Per diversi giorni coloro che si occuparono dello studio del punto di caduta lo considerarono realmente un meteorite, finché non scorsero una forma umana. Vulkan si rigenerò e, impazzito, iniziò a vagare per Macragge seminando distruzione. Per ulteriori dettagli su Vulkan e il ruolo di John Grammaticus durante questo periodo dell’Eresia ci sono i Momenti BG 18 e 19.
Tornando agli altri primarchi, subito iniziò la caccia a Curze. Molti morirono a causa delle trappole nascoste nelle capsule d’atterraggio esca e alla fine il primarca dei Signori della Notte riuscì a riunire Lion e Guilliman in un punto da lui prestabilito. Con le sue elevatissime abilità di guerrigliere, Konrad creò una bomba in grado di uccidere sul colpo entrambi i primarchi, ma, un attimo prima che potesse succedere, il Pharos si azionò. Lion e Roboute vennero trasportati su Sotha sani e salvi e Curze fuggì chissà dove su Macragge.
Dopo essere stati salvati da Polux e Dantioch ed essere stati teletrasportati nuovamente su Macragge, sorse una nuova questione. Lion rifiutò l’incarico di Imperatore, ma poco dopo avvenne un ulteriore arrivo.
Dopo la lunga Battaglia di Signus Prime durata dal 005 al 006.M31 che vide gli Angeli Sanguinari combattere contro demoni di Khorne e Slaanesh nel tentativo (ovviamente fallito) di entrambi gli dei di accaparrarsi un altro primarca, Sanguinius guidò la propria Legione in un lungo viaggio guidato ovviamente dalla luce più brillante nel Warp. Come tutti i suoi predecessori, non poteva sapere di star seguendo il Pharos e non l’Astronomican. Trovandosi anch’egli nel cuore del nuovo Imperium Secundus, Sanguinius accettò riluttante l’incarico.
Il primarca degli Angeli Sanguinari venne incoronato Imperatore dell’Imperium Secundus, mentre Lion El’Jonson venne nominato Lord-Protettore e Roboute Guilliman Capo Consigliere.
Sebbene Macragge si ergesse come un bastione di speranza e visioni di un futuro migliore, tra astartes sopravvissuti e milioni di umani in cerca di salvezza, l’Imperium Secundus non era destinato a durare.