Il regno dei funghi è invaso da una malattia, la Gravitombolite, che fa gonfiare i Toad come palloni. Bowser, sconfitto da Mario, nel bosco trova un tizio (che si rivelerà poi Sogghigno, già apparso in Mario & Luigi: Superstar Saga) che gli vende un fungo magico (un Fungo Fortunello). Durante un’assemblea del Regno dei funghi Bowser mangia il fungo e risucchia Mario, Luigi, Peach e altri personaggi, che finiscono dentro il suo corpo. Così Sogghigno conquista il castello di Bowser e quello di Peach.
Bowser, aiutante ignaro di Mario e Luigi, deve sconfiggere Sogghigno e riprendersi il castello.